Matthieu Lavigne

Τα ερευνητικά ενδιαφέροντα της ομάδας μου επικεντρώνονται στον χαρακτηρισμό των μοριακών συναλλαγών που διέπουν τα προγράμματα έκφρασης γονιδίων υγιούς/ασθενούς οργανισμού. Στόχος μας είναι η καλύτερη θεμελιώδης κατανόηση των βασικών χρωματίνης/κυτταρικών διεργασιών που διέπουν την έναρξη και επιμήκυνση της μεταγραφής της RNA πολυμεράσης ΙΙ σε πρωτεϊνικές κωδικοποιήσεις και μη (lncRNAs, eRNAs...), το πώς διασφαλίζεται η ακεραιότητα των αλληλουχιών του γονιδιωματικού DNA έναντι περιβαλλοντικών και γενετικών διαταραχών και ποια μπορεί να είναι η επίδραση καθορισμένων γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων (GRNs) στη δέσμευση των κυττάρων σε αναπτυξιακές ή παθογόνες γραμμές (απο)διαφοροποίησης.

Εφαρμόζουμε πρωτόκολλα βιοχημικής ανάλυσης 4D (χρόνος και χώρος) και αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS), καθώς και αναλύσεις/προσομοιώσεις βιοπληροφορικής για την αποκρυπτογράφηση μηχανισμών γονιδιακού ελέγχου σε μοριακό/πολυμοριακό και κυτταρικό/πολυκυτταρικό επίπεδο. Χρησιμοποιώντας ανθρώπινες κυτταρικές σειρές, μοντέλα ποντικιών ή διαθέσιμα δεδομένα, επιλύουμε την κατάσταση της χρωματίνης (ChIP-seq, ATAC-seq), τα πρωτεϊνικά σύμπλοκα (IP, RIP, ChIP-western), τις θέσεις πρόσδεσης των μεταγραφικών μηχανισμών (ChIP-seq, Cut-and-Run), την τοπολογία του DNA (4C-seq, HiC), την ακεραιότητα του DNA (μοτίβα βλαβών/επιδιορθωμένου DNA), τα επίπεδα και τον ρυθμό σύνθεσης του νεαρού/ωριμού RNA (EU-seq, mRNA-seq, quant-seq). Βασιζόμαστε επίσης σε μονοκυτταρικές (sc) προσεγγίσεις (scRNA-seq και scATAC-seq) για να καθορίσουμε μεταγραφικά και ρυθμιστικά δίκτυα χρωματίνης και να δείξουμε ποια είναι η επίδρασή τους στις τροχιές κυτταρικής διαφοροποίησης. Συνολικά, η ποικιλία των υγρών και ξηρών τεχνικών που αναπτύσσουμε συνήθως ενσωματώνεται για να συμπεράνουμε τις μεταγραφικές και επιγενετικές αρχές και να εντοπίσουμε πότε/πώς μπορεί να γίνουν αλλόκοτες σε ασθένειες.